För organisationer
Skapa en styrd programtjänst för laboratorier, utvecklingsgrupper och undervisningsmiljöer på infrastruktur som organisationen kontrollerar.
Marketplace för programvara
GROMACS
Molekyldynamik
Tillgänglig på begäran
Biomolekylär dynamik med hög genomströmning för proteiner, lipider och nukleinsyror, med replikensembler och MPI över flera noder för system som behöver det.
MPI
Batchkörning
Replikensembler
En hanterad tjänst för vetenskaplig programvara
Ge forsknings- och utvecklingsteam godkända program och reproducerbar körning utan att användarna eller infrastrukturteamet behöver underhålla varje mjukvarustack.
Vad dina användare kan göra
Välja ett tillgängligt program, konfigurera och skicka in en simulering, följa körningen, granska loggar och status samt hämta de registrerade resultaten.
Vad ditt infrastrukturteam får
Kontroll över godkända program och versioner, licensintegrering, åtkomst, resurskvoter, körpolicyer, dataplats och körhistorik.
Så driftsätter och driftar WECORE plattformen
Vi paketerar och validerar programmen, driftsätter tjänsten på din OpenStack-infrastruktur, integrerar licenser vid behov och sköter den löpande driften.
Översikt
Lär känna GROMACS.
GROMACS är en molekyldynamikmotor skriven för biomolekylära system och trimmad för genomströmning.
Dess beräkningsrutiner för icke-bindande interaktioner är optimerade för moderna CPU-arkitekturer, medan MPI stöder system som behöver mer än en nod.
Användningsfall
Vad den används till.
Proteinveckning och konformationssampling
Kör veckningsstudier och konformationssampling länge nog för att de långsamma rörelserna ska hinna visa sig.
Membran och lipiddubbelskikt
Förbered och ekvilibrera dubbelskiktssystem, och kör sedan membranproteiner i en realistisk lipidmiljö.
Bindning och fri energi genom perturbation
Uppskatta fria bindningsenergier för protein–ligand-komplex från perturbationsfönster, vart och ett köat som en oberoende simulering.
Nukleinsyradynamik och långa produktionskörningar
Kör nukleinsyrasystem och de långa produktionskampanjer som ensemblemetoder bygger på.
Körlägen
Så kan programmet köras i en hanterad miljö.
Hanterad batchkörning
Replikensembler i stor skala
Köa många oberoende replikor i stället för en enda mycket stor simulering; så är de flesta GROMACS-arbetsbelastningar upplagda. MPI över flera noder finns också för det enskilda system som verkligen behöver det.
Hanterad batchkörning
MPI på en eller flera noder
Välj en nod för hög genomströmning eller MPI över flera noder när ett enskilt system behöver mer minne eller beräkningskraft.
Tillgänglig på begäran
Kör vetenskaplig programvara utan att hantera klustret.
Berätta vilket vetenskapligt program du behöver och hur du planerar att använda det.